Miškų apsauga - tai yra priešgaisrinė miškų apsauga, sanitarinė miškų apsauga, apsauga nuo neteisėto miškų žemės naudojimo, apsauga nuo savavališko medžių ir krūmų kirtimo ir naikinimo, laukinės augalijos išteklių neteisėto naudojimo, pagamintos medienos grobimo ir kitų veiksnių.

Siekiant užtikrinti operatyvų miško gaisrų gesinimą urėdijos administruojamoje teritorijoje, sudaryta vieninga priešgaisrinės miškų apsaugos sistema. Vyžuonų, Kuktiškių ir Utenos girininkijoje yra priešgaisriniai stebėjimo bokštai. 2006 m. pastatytas dar vienas bokštas Rudesos  girininjijoje. Urėdijoje suformuota gaisrų gesinimo komanda. Urėdija turi du priešgaisrinius automobilius, vienas jų visiškai naujas IVECO 100E18. Gaisrams palankiu laikotarpiu budima urėdijoje, girininkijose, eiguvose. Kilus didesniems gaisrams pagalbą suteikia Utenos ir Molėtų rajonų priešgaisrinės gelbėjimo tarnybos, Krašto apsaugos savanorių pajėgos, Vytauto apygardos 7-osios rinktinės, Molėtų ir Utenos skyriai, vietos gyventojai.

 2010 m. urėdijos teritorijoje kilo 1 gaisrai, kurių metu išdegė 0,15 ha miško. Gaisrai kilo dėl miško lankytojų neatsargaus elgesio su ugnimi.

Sanitarinės miškų būklės gerinimui urėdija skiria didelį dėmesį. Kasmet yra atliekama eilė miško sanitarinės apsaugos biologinių, fizinių, mechanizmų ir kitų apsaugos priemonių, gerinančių miškų sanitarinę apsaugą. 2008 m. urėdijos miškuose iškabinta 140 vnt. inkilų, suremontuota ir išvalyta 100 inkilų, aptverta 100 vnt. skruzdėlynų, pasodinta nektaringų krūmų 1 ha, išdėstyta 50 ktm. gaudomųjų medžių.

  2008 m. urėdijoje nustatyta 3 neteisėti miško kirtimai, kurių metu iškirsta 19,1 ktm medienos visi išaiškinti. Miško pareigūnų jėgomis išaiškinti visi neteisėti atvejai. Už fiksuoti 2 pagamintos miško produkcijos grobimo atvejai, kurių metu pagrobta 45,2 ktm medienos, visi atvejai išaiškinti. Žala atlyginta.